近来,我国科学院海洋研讨地点银鲳基因组学研讨方面获得新开展,初次发布了我国重要贵重经济鱼类银鲳的高质量染色体水平参阅基因组,相关研讨成果在《天然》子刊《科学数据》在线宣布。
银鲳从属鲳亚目、鲳科、鲳属,广泛散布于西北太平洋近岸海域,从我国南海北部至日本、韩国和俄罗斯滨海均有散布。银鲳肉质细腻,油脂丰厚,是我国重要渔业经济鱼类,具有极高的经济价值。
银鲳的供给高度依赖于渔业捕捉,自上世纪80年代起,我国海洋捕捉强度不断增大,近些年,以银鲳为主的鲳属鱼类年捕捉量已超越30万吨,导致银鲳面对野生资源极具阑珊的危险。
现在,我国银鲳人工繁育与饲养技能获得突破性开展,对银鲳野生资源维护和康复具有极端重大意义。但是,银鲳对环境改变极为灵敏,在运送和饲养过程中易产生应激逝世,限制了银鲳饲养工业的开展。此外,银鲳形状特化,身体极为侧扁,无腹鳍,食道前部具有特别的食道侧囊结构,为鲳亚目特有的要害演化特征,是银鲳习惯捕食小型甲壳动物和水母的重要性状。
此前,海洋研讨所研讨员刘静团队依据鲳属全球线粒体基因组数据及形状和散布特征,初次清晰了国际鲳属物种多样性和地理散布格式构成与演化进程。研讨依据成果得出,现在,国际鲳属存在7个有用物种,即:银鲳、我国鲳、灰鲳、刘氏鲳、珍鲳、翎鲳和素鲳。而曩昔文献中报导的镰鲳则为银鲳的同物异名。
在曾经研讨根底上,研讨团队归纳选用相关测序技能对银鲳基因组进行了深度测序和拼装,在国际上初次获得了银鲳的高质量染色体水平参阅基因组,得到银鲳24条染色体单体序列,准确提醒了银鲳基因组巨细为518.06兆碱基对,拼装完结的基因组Contig N50长度达20.47兆碱基对,Scaffold N50长度达22.86兆碱基对,基因组完好度极高,到达染色体水平等级。重复序列占基因组的13.45%,获得了24,696个蛋白编码基因,基因组完结性目标BUSCO评价值高达98.90%。该研讨成果为深化解析银鲳食道侧囊和腹鳍缺失性状演化、种质遗传资源评价、抗逆种类选育及银鲳渔业资源可继续使用等研讨供给高质量参阅基因组根底。
该研讨得到国家天然科学基金项目和我国科学院B类战略性先导科技专项赞助。(来历:我国科学报 廖洋 王敏)