1、科属差异：上面现已介绍过鲳鱼和武昌鱼都是鱼类，并且都归于硬骨鱼。不过，从详细的类别来看，二者则是不同的。鲳鱼归于鲈形目鲳科，但武昌鱼则归于鲤形目鲤科。
2、生活环境差异：鲳鱼和武昌鱼的生活环境也是不一样的。鲳鱼有不同的种类，它们的散布在不同的环境中。大部分鲳鱼都是海水鱼，散布在印度洋、太平洋之中，在多个国家都有散布；部分生活在淡水之中，是能够人工养殖和繁衍的种类。而武昌鱼则不同，它们首要散布在我国的长江流域，在长江中下游地区的散布特别多。因而，可见武昌鱼是归于淡水鱼的。
3、身体形状差异：鲳鱼和武昌鱼尽管从外观来看都是比较扁平的，不过它们的身体形状有差异。鲳鱼的体型短而高，身体形状比较相似圆形；而武昌鱼的形状则比较像是菱形。
